Exemplo completo

Um walkthrough de ponta a ponta: da planilha crua de campo até um conjunto de análises, usando um dataset real de ocorrências de biodiversidade.

O dataset

• Registro: Ocorrências de Myrcia na Mata Atlântica.
• Agentes:
• Pessoa José Silva (afiliação JBRJ, ORCID de exemplo 0000-0002-1825-0097).
• Instituição Instituto de Pesquisas Jardim Botânico do Rio de Janeiro.
• Software OpenRefine 3.7 e R 4.3.1.
• Planilha crua ocorrencias_brutas.csv (5 linhas, problemas típicos de campo): colunas especie, coletor, data, latitude, longitude, local; datas em 4 formatos diferentes (12/03/2020, 2019-3-5, março/2018, 2021), coordenadas com vírgula decimal e valores ausentes, nomes de espécie sem autoria e capitalização inconsistente, coluna local em texto livre.
• Darwin Core ocorrencias_darwincore.csv: scientificName (Myrcia splendens (Sw.) DC.), recordedBy (José Silva), eventDate (ISO 8601), decimalLatitude/decimalLongitude (ponto decimal), geodeticDatum (EPSG:4326), country (Brasil), stateProvince, locality, basisOfRecord (PreservedSpecimen).

Passo 1 — Criar o Registro

Veja Criar registro. Título: Ocorrências de Myrcia na Mata Atlântica.

Passo 2 — Cadastrar os Agentes

Os três Agentes (José Silva, Instituto de Pesquisas Jardim Botânico do Rio de Janeiro, OpenRefine 3.7, R 4.3.1) podem ser criados de antemão em Agentes, ou inline durante o preenchimento de cada Atividade, usando Criar "<nome>" no seletor — ver Adicionar Atividade.

Passo 3 — Atividade 1: Criação (planilha crua)

• Tipo: Criação.
• Agente: José Silva.
• Local: coordenadas aproximadas no Rio de Janeiro.
• Ferramenta ou Software: GPS Garmin eTrex 32x.
• Entidade gerada: ocorrencias_brutas.csv (Formato CSV).

🔗 PROV: cria a primeira Entidade da linhagem — prov:wasGeneratedBy ligando ocorrencias_brutas.csv a esta Atividade, prov:wasAssociatedWith ligando a Atividade a José Silva.

Passo 4 — Atividade 2: Transformação (limpeza + Darwin Core)

• Tipo: Transformação.
• Agente: OpenRefine 3.7.
• Entidade usada: ocorrencias_brutas.csv.
• Processo: normalização de datas para ISO 8601, conversão de coordenadas para ponto decimal, mapeamento de colunas para termos Darwin Core.
• Parâmetros: separador_decimal = ., formato_data = ISO 8601.
• Ambiente de execução — sistema operacional: Ubuntu 24.04.
• Entidade gerada: ocorrencias_darwincore.csv (Formato CSV), Relação com a origem: Derivação.

🔗 PROV: prov:used liga esta Atividade a ocorrencias_brutas.csv; a nova Entidade tem prov:wasDerivedFrom apontando para ela.

Passo 5 — Atividades 3 e 4: Análises com saída

• Análise 1 — Agente R 4.3.1, usa ocorrencias_darwincore.csv, Processo: contagem de ocorrências por locality, gera contagem_por_local.csv.
• Análise 2 — Agente R 4.3.1, usa ocorrencias_darwincore.csv, Processo: distribuição temporal das coletas por eventDate, gera distribuicao_temporal.png.

Passo 6 — Atividade 5: Análise sem Entidade gerada

• Tipo: Análise, Agente R 4.3.1, usa ocorrencias_darwincore.csv.
• Processo: checagem de consistência de coordenadas (decimalLatitude/decimalLongitude dentro dos limites do Brasil).
• Nenhuma Entidade gerada — demonstra que uma Análise pode existir só para validar dados, sem produzir uma nova saída (cardinalidade 0 na geração).

Passo 7 — Conferir o diagrama e exportar

• Veja o diagrama de linhagem completo no Registro — cinco Atividades, três Entidades geradas a partir da planilha crua original.
• Exportar Relatório .md para gerar a versão legível com diagrama e tabelas.
• Exportar JSON para guardar uma cópia completa dos dados.
• Opcionalmente, Finalizar o Registro para travar o histórico documentado.

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Próximos passos

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